Το σκεπτικό της Ανοιχτής Επιστήμης είναι σαφές, αλλά υπάρχουν ακόμη ανησυχίες και ζητήματα που πρέπει να αντιμετωπιστούν. Οι έξι προκλήσεις με την Ανοιχτή Επιστήμη στις διάφορες διαστάσεις της είναι:

Πρόκληση 1 - Κοινωνικοπολιτισμική:

Η έλλειψη συνειδητοποίησης των πλεονεκτημάτων και της σημασίας του ανοίγματος της έρευνας. Η απροθυμία να αλλάξουν οι τρέχουσες ροές εργασίας και πρακτικές, π.χ., να μοιραστούν δεδομένα κατά τη διάρκεια της ερευνητικής διαδικασίας. Οι ερευνητές θεωρούν ότι αυτή είναι μια δραστηριότητα που απαιτεί χρόνο και προσπάθεια για να προσθέσουν στον υπάρχοντα φόρτο εργασίας τους. Η έλλειψη μιας ξεκάθαρης αναγνώρισης και ενός συστήματος ανταμοιβής που προωθεί τις πρακτικές της Ανοιχτής Επιστήμης. Εκτός από τους ερευνητές και τα ερευνητικά ιδρύματα, υπάρχει επίσης μια αλλαγή που πρέπει να γίνει από την πλευρά των χρηματοδοτών της έρευνας, των κυβερνητικών φορέων και άλλων ενδιαφερόμενων μερών.

Πρόκληση 2 – Τεχνολογική:

Οι τεχνολογίες της πληροφορίας και των επικοινωνιών έχουν βελτιωθεί γρήγορα, αλλά υπάρχει ακόμη δουλειά που πρέπει να γίνει για να υποστηριχθούν και να διευκολυνθούν οι ροές εργασίας των ερευνητών προς πιο ανοιχτές πρακτικές.

Πρόκληση 3 – Πολιτική:

Υπάρχει σαφής ανάγκη για πολιτική δέσμευση για την προώθηση της Ανοιχτής Επιστήμης και την ενσωμάτωσή της στις κυβερνητικές ατζέντες, επίσης σε διεθνές επίπεδο. Πρέπει να διατεθούν οι απαραίτητοι πόροι για να πετύχουν αυτές οι πολιτικές. Απαιτείται δέσμευση για την ανάπτυξη πολιτικής και στρατηγικό σχεδιασμό τόσο σε επίπεδο ερευνητικού ιδρύματος όσο και σε επίπεδο χώρας.

Πρόκληση 4 – Οργανωτική:

Το εργασιακό περιβάλλον (π.χ. πανεπιστήμιο, ερευνητικό ίδρυμα) μπορεί να έχει σημαντικό αντίκτυπο στο πόσο γρήγορα και ευρέως ανοίγει η έρευνα. Μια κλειστή κουλτούρα είναι μια πρόκληση για μεμονωμένους ερευνητές και επιβραδύνει το συνολικό άνοιγμα της έρευνας. Οι οργανισμοί πρέπει να αναπτύξουν και να αποκτήσουν τις κατάλληλες δεξιότητες για την υποστήριξη της ανοιχτής επιστήμης εντός του οργανισμού τους.

Πρόκληση 5 – Οικονομική:

Ακόμα κι αν ένα από τα κύρια επιχειρήματα για την Ανοιχτή Επιστήμη είναι η υψηλότερη αποτελεσματικότητα της έρευνας που μακροπρόθεσμα θα έχει ως αποτέλεσμα την καλύτερη χρήση των πόρων και την επιτάχυνση των καινοτομιών, πρέπει να γίνουν σημαντικές επενδύσεις στην αρχή για να αναπτυχθούν οι τεχνικές, πολιτικές και οργανωτικό οικοσύστημα για την Ανοικτή Επιστήμη.

Πρόκληση 6 – Νομική:

Η Ανοιχτή Επιστήμη  αλλάζει τον τρόπο με τον οποίο βλέπουμε την ιδιοκτησία δεδομένων, τα πνευματικά δικαιώματα, το απόρρητο και τη λογοδοσία στην έρευνα. Πολλές από αυτές τις αλλαγές πρέπει να αντικατοπτρίζονται στη νομοθεσία και τις κατευθυντήριες γραμμές για την έρευνα. Πρέπει να αναπτυχθεί ένα σαφές νομοθετικό πλαίσιο σε διεθνές επίπεδο και οι ερευνητές πρέπει να γνωρίζουν αυτή τη νομοθεσία.