Όπως έχει αναφερθεί και στο κεφάλαιο 2 συστήματα αρχείων (file systems) ή σύστημα διαχείρισης αρχείων είναι η οργάνωση που παρέχεται από Λ.Σ. των δεδομένων μας στη δευτερεύουσα μνήμη (secondary memory). Τα δεδομένα μας είναι αποθηκευμένα σε αρχεία και τα αρχεία σε καταλόγους. Τα συστήματα αρχείων κατά κάποιο τρόπο προσφέρουν μια «λογική αφαίρεση» της λειτουργίας της αποθήκευσης δεδομένων στα μέσα αποθήκευσης όπου ο χρήστης αντί να αναφέρεται στη φυσική διεύθυνση^[1] που κατέχει μια ομάδα (block) δεδομένων ενός αρχείου ή καταλόγου αναφέρεται στο όνομα κατάλογοι του αρχείου αρχεία. Έτσι ένα σύστημα αρχείων έχει καταγράψει και «γνωρίζει» σε ποιες ομάδες (block) μνήμης βρίσκεται το κάθε μας αρχείο, ώστε να μπορούμε να διαβάσουμε και να γράψουμε σε αυτό.

Το σύστημα αρχείων ρυθμίζει επίσης το πως οι διαφορετικές διεργασίες μπορούν να έχουν πρόσβαση στην ίδια ομάδα μνήμης. Επιπλέον το σύστημα αρχείων προστατεύει τα δεδομένα μας, περιορίζοντας και παραμετροποιόντας την προσβασιμότητα τους. Κάποια από τα πιο γνωστά συστήματα αρχείων είναι:

• ext2/3/4    χρησιμοποιείται κυρίως στο Linux
• FAT-16/32  ξεκίνησε από τα Windows αλλά γνώρισε μεγάλη διάδοση
•  NTFS          χρησιμοποιείται κυρίως στα Windows